El manejo de la base de datos puede ser de dos tipos, la gestión por relaciones y la gestión por jerarquía:
- Gestión por relaciones: Los datos se representan como tablas bidimensionales, estas pueden considerarse como archivos. Cada tabla contiene datos acerca de la entidad y sus atributos, entre algunas bases de datos que utilizan este sistema están Microsoft Access, DB2, Oracle y SQL Server; los más utilizados son SQL (tecnología abierta) y Oracle. Las tablas de una base de datos relacional se pueden combinar fácilmente para entregar los datos requeridos por los usuarios, siempre y cuando dos tablas compartan un elemento de datos común; para ello se utilizan tres operaciones básicas, seleccionar, proyectar y unir.
- Gestión por jerarquías: Estas bases tienen la capacidad de almacenar y recuperar registros que no solo contengan números y caracteres, sino también dibujos, imágenes, fotografías, voz y video; este tipo de base de datos almacena los datos y los procedimientos que realizan operaciones sobre estos datos como objetos que se pueden recuperar y compartir de manera automática, además tienen la capacidad de definición de datos para especificar la estructura del contenido de la base de datos. El lenguaje más utilizado para este tipo de base de datos es el Lenguaje de Consultas Estructurado o SQL.