Los mecanismos de transmisión son las vías y medios que utiliza el microorganismo para llegar al huésped susceptible desde la fuente de infección.

Los mecanismos de transmisión se pueden dividir en tres grandes grupos:

1. Mecanismos de transmisión directa. Son aquellos mecanismos en los que el paso del microorganismo desde la sangre, saliva u otras secreciones de una persona infectada se realiza directamente al huésped susceptible. Este mecanismo lo emplean microorganismos que son poco resistentes a las condiciones del medio externo, o que necesitan un contacto prolongado para producir la infección.

   El mecanismo de entrada puede ser por:

   • Contacto de secreciones infectadas con una herida abierta. Por ejemplo, la hepatitis B, C, D, SIDA y el herpes simple se pueden transmitir por contacto de sangre y saliva infectadas con grietas de la piel o membranas mucosas. Si en la clínica dental no utilizaras guantes al realizar una higiene oral a un paciente que tuviera alguna enfermedad que se puede transmitir por contacto de sangre y saliva, las manos podrían quedarte contaminadas de saliva y sangre del paciente y si en ellas hubiera una lesión podría ser la puerta de entrada del microorganismo a tu cuerpo.
   • Transmisión a través del aire: se considera vía directa de transmisión porque se precisa estar cerca físicamente entre la fuente de infección y el huésped susceptible aunque entre ambos no exista contacto físico y sólo exista el aire. En general, al hablar, toser, estornudar se emiten gotas y aerosoles.

     En la clínica dental el aire puede ser un mecanismo de transmisión directo por contacto o inhalación de secreciones respiratorias con microorganismos en forma de aerosol. Durante el trabajo odontológico, también se forman aerosoles con la utilización del instrumental rotatorio. Estas gotas de saliva y aerosoles quedan suspendidas en el aire y pueden inhalarse, pueden contaminar heridas, etc. Por ejemplo la tuberculosis se puede transmitir por inhalación de aerosoles generados durante un procedimiento oral.

2. Mecanismos de transmisión indirecta. Son aquellos en los que entre la fuente de infección y el huésped hay separación espacio-temporal, se precisa un vehículo de transmisión. Los microorganismos se transmiten de una persona infectada a una sana a través de una fuente distinta al portador original, los fómites. Los fómites en la clínica dental podrían ser instrumentos dentales, materiales y equipos dentales.

El mecanismo de entrada puede ser:

• A través de un pinchazo o herida accidental con un instrumento contaminado o incorrectamente esterilizado. Por ejemplo la hepatitis B, C y D y el SIDA se pueden transmitir por exposición percutánea a través de heridas producidas por instrumentos y agujas contaminadas.
• Al tocar una herida una superficie contaminada por la deposición de aerosoles o fluidos corporales que contengan microorganismos. Por ejemplo, la hepatitis B, C, D, y las infecciones por virus del herpes simple se pueden transmitir por este mecanismo.

Pinchazo y corte fortuito, es un mecanismo de transmisión de enfermedades. 

Objeto contaminado con fluidos corporales, es un mecanismo de transmisión de enfermedades.

3. Mecanismos de transmisión autógena: En este tipo de transmisión el propio paciente es el origen de su infección a causa de la entrada, a través de un corte o herida, hacia el torrente sanguíneo de microorganismos que habitualmente se encuentran en su cavidad oral.