No es un método recomendado en odontología ya que la gran mayoría del instrumental y material puede ser esterilizado por calor húmedo. El uso de agentes químicos, en cambio, tiene la desventaja de que además de ser en su mayoría tóxicos producen residuos que se deben procesar adecuadamente.

La eficacia de este proceso de esterilización denominado "en frío" depende de varios factores independientes del producto químico utilizado:

• Contaminación microbiana de los instrumentos y materiales a esterilizar.
• Concentración de la solución química utilizada.
• Presencia de material en el instrumental y material a esterilizar que pueda inactivar al agente químico.
• Tiempo de exposición al agente químico.
• Procedimientos de limpieza previa del instrumental y material a esterilizar.

Existen una serie de sustancias químicas que producen la esterilización de los materiales siendo las más utilizadas en odontología: el glutaraldehído alcalino al 2% y el ácido peracético.

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Almacenaje del instrumental esterilizado químicamente:

Se recomienda esterilizar el instrumental y material inmediatamente antes de su utilización para evitar la contaminación de los mismos. Si no se utilizan inmediatamente después de esterilizados, deben ser guardados envueltos en protectores estériles con las condiciones de almacenamiento descritas en el apartado correspondiente.