Cuando tengamos que llevar a cabo la eliminación de microorganismos podremos utilizar métodos físicos o químicos.

• Los métodos químicos logran la desinfección aplicando sustancias químicas denominadas desinfectantes mediante procedimientos de pulverización o inmersión.
  

  Existe un grupo amplio de sustancias que pueden utilizarse como desinfectantes y que presentan diferentes niveles de desinfección. Es importante elegir el desinfectante en función del nivel de desinfección que requiera cada material para evitar una sobreexposición innecesaria y la aparición de formas resistentes.

  Desinfectantes químicos

  Nivel de acción bajo	Nivel de acción intermedio	Nivel de acción alto
  Sales de plata.	Alcoholes (etanol).	Formaldehido.
  Amonios cuaternarios.	Compuestos clorados (lejía).	Glutaraldehido.
  Compuestos mercuriales.	Fenoles (triclosán).	Peróxido de hidrogeno.

• Los métodos físicos aunque son menos utilizados consiguen la desinfección al aplicar sobre los microorganismos variaciones de temperatura, radiación o presión. Como métodos físicos se utilizan los siguientes:
  • Ebullición: se utiliza el agua a 100 ºC para conseguir la destrucción de los microorganismos. Aunque era utilizado como método de esterilización no llega a destruir las esporas.
  • Frío: las bajas temperaturas inhiben la actividad metabólica de los microorganismos y pueden resultar letales si son inferiores a 0 ºC.
  • Presión: el aumento de presión inhibe el crecimiento de los microorganismos pero no destruye las formas vegetativas. Se utiliza generalmente combinada con el aumento de temperatura.
  • Radiaciones: la radiación de luz ultravioleta actúa desnaturalizando el ADN de los microorganismos. Es un método que se ve influido por muchos factores externos y su uso puede producir lesiones oculares.