Partiendo del principio de que todo aparato es susceptible de fallar y, de hecho fallan, los modernos contadores son unos instrumentos muy fiables, mucho más si se les realiza un adecuado mantenimiento y calibración de los mismos.

A continuación, se describen los errores más frecuentes que pueden producirse en los recuentos automáticos.

• Se debe evitar la hemólisis mediante una buena extracción y mezcla rápida con anticoagulante de la muestra.
• No debe haber burbujas ya que serán contadas como células.
• El contador ha de estar perfectamente limpio, así como cualquier accesorio que pueda utilizar.
• Taponamiento del orificio o capilares por coágulos. Es este un problema relativamente habitual en contadores más sencillos donde los sistemas de lavado y mantenimiento están menos automatizados. Por ello, es imprescindible ser absolutamente rigurosos en las labores de mantenimiento marcadas por el fabricante del aparato.
• Error por coincidencia de células. Este fallo se produce cuando varias células pasan simultáneamente por el dispositivo de medida de modo que no produce una señal individualizada para cada una de ellas. Puede ocurrir cuando la concentración de células es elevada. En estos casos se aconseja diluir la muestra.
• Existencia de partículas contaminantes. Especialmente en los líquidos diluyentes, ya sea por contaminación biológica (bacterias, hongos, etc.) o por formación de precipitados. Se debe prestar especial atención a instrumentos que tengan periodos largos de inactividad tales como vacaciones, uso educativo, cambios de ubicación, etc.
• Calibración inexacta del aparato.
• Alteraciones lipídicas o proteicas del plasma: turbidez que puede alterar la medida de hemoglobina.
• Presencia de agregados plaquetarios. Las características de las plaquetas, tamaño y variabilidad del mismo, así como su tendencia a la agregación, hacen que sea el elemento forme que habitualmente presenta más problemas a la hora de su cuantificación. Se debe estar especialmente atento a recuentos especialmente bajos de las mismas donde se puede producir lo que se denominan pseudotrombocitopenia o falsa trombocitopenia causada por formación de estos agregados plaquetarios. 
• Estados leucémicos, ya que los leucocitos se contabilizan cuando se cuentan hematíes.
• Alteraciones en algún componente hidráulico o electrónico del contador.