La ciencia que se encarga del estudio de los microorganismos y de su clasificación se denomina Taxonomía e incluye además de criterios y formas de clasificar, las reglas para asignarles un nombre específico. Estas reglas forman parte de la Nomenclatura.
La taxonomía establece un sistema de clasificación jerárquico, con varios niveles. Los individuos que forman parte del mismo nivel comparten todas sus características. A medida que vamos ascendiendo de nivel los caracteres que se comparten son cada vez menores.
La unidad básica de este sistema es la especie. El sistema de clasificación que más se utiliza es el establecido por Linneo, que consta de los siguientes taxones, ver imagen.
En biología, un taxón o taxon es un grupo de organismos emparentados, que en una clasificación dada han sido agrupados, asignándole al grupo un nombre en latín, una descripción si es una especie, y un tipo.