Existen algunos procedimientos que nos proporcionan una información adicional, útil en algunos casos, como es el caso de la tinción de cápsulas que se dispone a realizar.
Existen algunas bacterias en las que la presencia de cápsula nos sirve para guiar nuestra identificación con mayor probabilidad de éxito. Es el caso de Streptococcus pneumoniae: diplococos gram positivos, capsulados, o de Klebsiella pneumoniae: bacilos gram negativos que presentan una gruesa cápsula.
La cápsula es una estructura difícil de teñir, por lo que para poder observarla al microscopio es necesario utilizar procedimientos algo diferentes a los utilizados en las demás tinciones.
Uno de ellos consiste en aplicar a las bacterias una técnica de tinción negativa. Se utilizan compuestos como tinta china o nigrosina, que no penetran en las bacterias (solo se depositan en su superficie) pero si tiñen en el medio que las rodea. El cuerpo de la bacteria queda de un color grisáceo que contrasta con el fondo negro de la preparación. El espacio blanco que queda entre el cuerpo de la bacteria y el fondo corresponde a la cápsula.