En Java no se impone una estructura en un fichero, por lo que conceptos como el de registro que si existen en otros lenguajes, en principio no existen en los archivos que se crean con Java. Por tanto, los programadores deben estructurar los ficheros de modo que cumplan con los requerimientos de sus aplicaciones.

Así, el programador definirá su registro con el número de bytes que le interesen, moviéndose luego por el fichero teniendo en cuenta ese tamaño que ha definido.

Se dice que un fichero es de acceso directo o de organización directa cuando para acceder a un registro n cualquiera, no se tiene que pasar por los n-1 registros anteriores. En caso contrario, estamos hablando de ficheros secuenciales.

Con Java se puede trabajar con ficheros secuenciales y con ficheros de acceso aleatorio.

En los ficheros secuenciales, la información se almacena de manera secuencial, de manera que para recuperarla se debe hacer en el mismo orden en que la información se ha introducido en el archivo. Si por ejemplo queremos leer el registro del fichero que ocupa la posición tres (en la ilustración sería el número 5), tendremos que abrir el fichero y leer los primeros tres registros, hasta que finalmente leamos el registro número tres.

Por el contrario, si se tratara de un fichero de acceso aleatorio, podríamos acceder directamente a la posición tres del fichero, o a la que nos interesara.