Tras el proceso de instalación del paquete básico de software ERP viene la personalización, para adecuarlo al entorno de la empresa que va a utilizarlo. Este proceso incluye aspectos como incorporar el logotipo de la compañía, dar de alta a los usuarios con los permisos adecuados, configurar el sistema de avisos que proporciona la aplicación, configurar la compatibilidad con herramientas de correo...
Los sistemas ERP que existen hoy en el mercado permiten la incorporación de distintos tipos de módulos predefinidos que facilitan la personalización del paquete.

La integración de estos módulos, que complementan la aplicación base, puede realizarse tanto en el momento inicial de la instalación de la aplicación, como en un proceso posterior de ampliación de la misma.
Los recursos que proporcionan estos módulos son muy variados: creación de informes avanzados, servicios de comunicación para plataformas móviles, interconexión con el paquete ofimático utilizado en la empresa, CRM...
Estos módulos que se incorporan posteriormente a la instalación pueden:
- Estar prediseñados por el fabricante de la aplicación base.
- Ser módulos programados por terceros para ese software.
- Ser programas solicitados a medida por la empresa en la que se instala la aplicación.
Para realizar la instalación de módulos hay que entrar en el paquete con un usuario que tenga permisos de administración y usar el cargador de módulos que suelen tener estos paquetes en la sección de administración.