Podemos resumir las principales aplicaciones de la criptografía en las siguientes:

• Seguridad de las comunicaciones. La criptografía aplicada a las redes de computadores, permite establecer canales seguros sobre redes que no lo son. Además, con la potencia de cálculo actual y empleando algoritmos de cifrado simétrico (que se intercambian usando algoritmos de clave pública) se consigue la privacidad sin perder velocidad en la transferencia.
• Identificación y autentificación. Gracias al uso de firmas digitales y otras técnicas criptográficas es posible identificar a un individuo o validar el acceso a un recurso en un entorno de red, con más garantías que con los sistemas de usuario y clave tradicionales.
• Certificación. La certificación es un esquema mediante el cual agentes fiables (como una entidad certificadora) validan la identidad de agentes desconocidos (como usuarios reales). El sistema de certificación es la extensión lógica del uso de la criptografía para identificar y autentificar cuando se emplea a gran escala.
• Comercio electrónico. Gracias al empleo de canales seguros y a los mecanismos de identificación se posibilita el comercio electrónico, ya que tanto las empresas como los usuarios tienen garantías de que las operaciones no pueden ser espiadas, reduciéndose el riesgo de fraudes y robos.