Cuando se instala una nueva aplicación, una de las labores más importantes es la configuración. El manual de configuración de la aplicación facilita información sobre los valores que deben tener algunas variables de la aplicación. Al modificar el valor de esas variables (por ejemplo, directorio de instalación, acceso directo en escritorio, …), el programa se podrá instalar de manera personalizada.

En la mayoría de los programas de uso general que se distribuyen, se suele establecer una configuración predeterminada, en donde la persona que realiza la instalación del software no modifica ninguna variable destacable de la instalación. La configuración predeterminada no requiere manual y está destinada a usuarios y usuarias de todas las edades, con un nivel medio-bajo de conocimientos informáticos.

Hay otros tipos de aplicaciones, incluidos los sistemas operativos, que requieren una configuración personalizada, definida por el usuario o usuaria. El manual de configuración aportará información sobre cómo realizar los cambios en la aplicación para personalizarla. En sistemas como Linux, la configuración de aplicaciones es muy importante y no es una tarea trivial, ya que se requieren modificar scripts de texto plano, lo cual puede inducir a errores. En el manual de configuración se deberán indicar detalladamente los archivos que se deben modificar, las variables a modificar, y los posibles errores que se pueden cometer, así como la recuperación de los mismos.

Cuando hablamos de manual de administración, nos referimos al manual que va destinado específicamente a administradores o administradoras de sistemas. En los manuales de administración, aparece la información necesaria para la operativa y mantenimiento del sistema informático. El manual de administración incluye información sobre los comandos que se pueden utilizar. Los manuales de administración también suelen describir los mensajes generados cuando el sistema esta interactuando con otros sistemas o con aplicaciones o usuarios o usuarias. Los manuales de administración explicaciones de cómo realizar las tareas de mantenimiento del hardware. Un ejemplo de información que describe el manual de administración es cómo solucionar fallos a través de la consola, como conectar nuevos periféricos, etc.